La Cooperazione italiana è attiva nel settore sanitario dal 1997. Inizialmente sono stati attuati interventi spot per tamponare le situazioni di emergenza; una volta superate le principali criticità, si è proceduto tramite iniziative pianificate ed inserite nel quadro di sviluppo strategico di settore.

Nella fase di emergenza, seguita al crollo degli schemi piramidali ed alla crisi del Kosovo, sono stati finanziati programmi atti a garantire l'accesso ai farmaci ed ai servizi sanitari di base per le fasce più svantaggiate della popolazione ('Fornitura di farmaci - OMS', 'Forniture alimentari e medicinali', 'Accesso ai farmaci essenziali - OMS', 'Ripristino dei Servizi sanitari di base a Tirana', 'Controllo delle malattie diarroiche, compreso il colera - UNICEF', etc.). Oltre a quelli citati, la Cooperazione italiana in passato ha finanziato altri programmi su canale bilaterale e multilaterale, tra cui: 'Rafforzamento del Sistema di Pronto Soccorso Nazionale', 'Riabilitazione dell'ospedale di Berat'; 'Sostegno al Dipartimento di Epidemiologia di Tirana'; 'Fornitura di vaccini per l'epatite B'; 'Intervento contro la malnutrizione infantile' e 'Sostegno all'Ospedale Madre Teresa'. 

Oggi, le attività finanziate possono distinguersi tra programmi di riabilitazione infrastrutturale (interventi dei quali Cooperazione italiana e Ministero della Sanità albanese sono enti esecutori) ed interventi, generalmente di competenza delle ONG, di sostegno in materia di sanità di base ed assistenza alla persona.

Tra i primi, si ricordano in particolare un intervento per la razionalizzazione del sistema sanitario della regione di Elbasan (ristrutturazione di parte degli ospedali di Gramsh e Librazhd e la costruzione del nuovo padiglione dell'Ospedale di Elbasan, che ospiterà i reparti di Chirurgia, Maternità ed Ostetricia, Pediatria, Blocco Operatorio e Terapia Intensiva) ed un programma per la 'Riabilitazione di 5 poliambulatori', che prevede la completa ristrutturazione e l'equipaggiamento dei poliambulatori delle città di Tirana, Girocastro, Korça e Peshkopie. Il programma 'Potenziamento del Centro Traumatologico Nazionale' intende invece provvedere alla fornitura completa di attrezzature mediche e dei servizi atti al miglioramento del Centro Traumatologico Nazionale, presso l'Ospedale Militare di Tirana, dove vengono trattati i pazienti politraumatizzati, civili e militari.

Tra le iniziative promosse dalle ONG, sono attualmente in fase di realizzazione un 'Progetto per il recupero dell'handicap uditivo nei bambini albanesi' (MAGIS) ed un intervento di potenziamento del 'Centro terapie per la Riabilitazione' della Fondazione Nostra Signora del Buon Consiglio, a Tirana (DOKITA). È stato inoltre finanziato il progetto 'Promozione della salute nella prefettura di Lezhe e prevenzione dell'alcolismo e della tossicodipendenza tra i giovani nella prefettura di Scutari', promosso dal VIDES.

La Cooperazione italiana contribuisce inoltre alle attività di rafforzamento istituzionale del Ministero della Sanità albanese, attraverso il sostegno finanziario all'OMS.